Bio Info : Utilité d'un algorithme de recherche de graphe dans une base de donnée

L'article : http://interstices.info/jcms/c_42760/des-peptides-a-explo...

 

Conclusion

La conception de la base de données Norine et de l'algorithme présenté ici est le fruit d'une collaboration étroite entre des bio-informaticiens de l'équipe Sequoia du centre de recherche INRIA Lille-Nord Europe et des biologistes du laboratoire ProBioGEM de l'Université de Lille 1.

Les spécificités des graphes représentant les peptides non-ribosomiques— et de l'imagination — nous ont permis de concevoir un algorithme efficace pour rechercher un graphe partiel au sein d'un ensemble de graphes. Les temps de calcul sur la base de données Norine sont de l'ordre de quelques centaines de millisecondes, au plus quelques milliers.

L'informatique répond aux besoins des scientifiques, qu'ils soient biologistes ou encore chimistes. Norine offre la possibilité de trouver des informations de qualité sur plus de mille peptides non-ribosomiques. Ainsi, la recherche d'informations noyées dans des milliers d'articles scientifiques n'est plus nécessaire. Il suffit d'interroger Norine. De plus, la possibilité de faire des recherches soit par mots-clés (par exemple le nom du peptide ou celui du micro-organisme qui le produit), soit directement parmi les structures des peptides, facilite l'étude des peptides.

La recherche dans ce domaine se poursuit, afin de proposer de nouveaux programmes qui vont aider les chercheurs à étudier ces molécules. Un succès pour Norine serait d'aider à la découverte de nouveaux médicaments ou d'autres produits naturels qui pourraient être utilisés à grande échelle. Par exemple, certains peptides non-ribosomiques ont la capacité de remplacer les pesticides chimiques utilisés pour protéger les plantes.